連江縣運動大會會旗以「禾穗」表示不斷成長、茁壯及薪火相傳之精神。

十個小點表示本縣各島緊密相連、榮辱與共，外圍一個大圓代表團結、和諧、進步，使家鄉更美好。

會旗以白底藍字、金穗圖案為主，表示全體居民活潑進取、樂觀奮鬥之精神，以追求「馬祖飛躍 活力展現力」之目標共同為馬祖的建設而努力。